农村宅基地上房屋倒塌后，宅基地使用权不会因此消灭。根据《民法典》第三百六十四条，宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当依法重新分配宅基地。但若房屋倒塌后未及时重建，村集体有权依照法定程序报经批准后收回宅基地。《确定土地所有权和使用权的若干规定》第五十二条规定，空闲或房屋坍塌、拆除两年以上未恢复使用的宅基地，不确定土地使用权。已经确定使用权的，由集体报经县级人民政府批准，注销其土地登记，土地由集体收回。

  需要注意的是，《国土资源部关于加强农村宅基地管理的意见》（国土资发〔2004〕234号）：对农村村民住宅建设，要严格按“一户一宅”原则进行审批。凡新建住宅后，原有宅基地应收回村集体。

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