分家析产时若忽略居住权约定，极易引发后续矛盾。《民法典》第三百六十七条规定，设立居住权，当事人应当采用书面形式订立居住权合同，合同需明确住宅位置、居住期限等条款。家庭成员可通过此条款为老人或弱势成员设定居住权，即便房产分配给子女，权利人仍可继续居住。

同时，《民法典》第三百六十八条要求，居住权自登记时设立。未办理登记的居住权约定，可能无法对抗第三人。李某兄弟的分家协议中明确父母居住在二号院落，若已办理居住权登记，则受法律绝对保护；若未登记，父母仍可依据协议主张使用权，但对抗效力较弱。

若协议未约定居住权，法院可能结合《民法典》第三百零四条，为无房居住的老人、未成年人等设定临时居住权，由房产所有人提供必要住房。建议分家时专门列明居住权条款，明确期限与条件，必要时办理登记。