军队经济适用房在离婚时的分割规则与普通商品房有所不同。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，军队经济适用房的分割需要考虑其特殊性质和管理规定。具体分割规则如下：

1. 婚前购买且为个人财产：如果军队经济适用房是军人一方婚前全款购买的，属于军人一方的个人婚前财产，在双方没有协议的情况下，离婚时房屋应当归军人所有。

2. 婚后共同出资购买：如果军队经济适用房是在婚后购买的，购房款部分来源于夫妻共同财产，那么该房屋属于夫妻共同财产。离婚时，由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。

3. 婚前申请、婚后共同还贷：如果军人一方婚前申请购买经济适用房，并支付了部分购房款，婚后夫妻共同还贷，那么婚前所支付的购房款对应的房屋价值应当认定为军人一方个人财产，婚后共同还贷部分及房屋增值部分应认定为夫妻共有财产。

4. 房屋出售后转交地方管理：如果该房屋出售后将会转交地方管理，并经地方房屋管理部门颁发房屋所有权证，在夫妻离婚时应当参照地方经济适用住房的处理方法加以分割。

军人甲在婚前申请购买了军队经济适用房，并支付了部分购房款。婚后，甲与配偶乙共同还贷。离婚时，双方对房屋的分配产生争议。法院经审理认为，婚前甲支付的购房款对应的房屋价值属于甲的个人财产，婚后共同还贷部分及房屋增值部分属于夫妻共同财产。最终，法院判决房屋归甲所有，甲需给予乙婚后共同还贷部分及相应增值部分的补偿。

如果遇到此类问题，首先要了解房屋的具体情况，包括购房时间、出资来源等。如果房屋属于夫妻共同财产，离婚时可以通过协商或诉讼的方式进行分割。协商时，应充分考虑双方的实际情况和需求，如子女抚养、经济状况等。如果协商不成，需要通过诉讼解决，那么双方应注意收集相关证据，如购房合同、付款凭证、还贷记录等。同时，建议寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。